ようやくやり方が分かった。
こちらの書き込みを参考に自分なりに追記してみた。
http://www.unkar.org/read/dubai.2ch.net/ogame/1246329030/#l531

1.シャキーンからmqo出力
(タルは小さいし関節がわかりにくいのでエル・ヒュム・ガル推奨 ミスラは尻尾が面倒なのでやめた方が良い)
2.メタセコで読み込み、
 編集>全て選択
 コマンド>移動
 移動パネル >絶対>Yを0に変更
 ようするに地面に足の裏がついてれば良い
 すべて選択後マウスでグリグリ動かしても大丈夫。
 念のため、画面右上に表示されているボーンオブジェクトを削除した。
 xファイルで出力
3.PMDエディタでxファイルインポート(2.3倍くらいで)

4.リンかレンのPMDを追加インポートし、材質削除してボーンだけ残す 
 編集>面関連>パーツ無効化>材質指定
 追加したPMDで使っているのは材質4以下のはずなので4まで残しあとは無効化する
 
 【MikuMikuDance】踊る自作モデル(PMD)作成の基礎‐ニコニコ動画(9)
 http://www.nicovideo.jp/watch/sm5704549
 4:30あたり参照
 
 表示>モデル表示
 表示>頂点/ボーン編集
 shift押しながらクリックで選択可能なのでいらないのはまとめて消す

4’.リンかレンのPMDをファイルインポートで入れれば材質を削除することなくボーンのみ入れられることがわかった。

5.ボーンを合わせて、ウエイトを設定していく←コレが一番大変
 表示>ウエイト描画
 描画モード
 範囲サイズはペンの太さなので場所によって変えること
 開始を押下しShiftキー+左クリックで動かしたいボーンを選択し青から赤にボーンの色が変わったことを確認する
 左クリックを押しっぱなしで動かしたい範囲のみを選択する
 開始を再度選択して設定終了
 選択したボーンで動かしたい範囲をペンの先で塗っていくイメージだ。
 塗り忘れるとその部分だけが置いていかれるので頑張って塗ろう。
 
 表示>モデルの変形確認で設定したボーンを動かして確認する
 
 ウエイトの設定を失敗すると手を動かすと太股も伸びるようになってしまう。
 動かしたい頂点を選択するときは気を付けるように
 ウエイトの初期化は何故か動かないので手や足のパーツごとにうまく設定したら上書き保存して作業するのが良い

6.PMDで保存でしてMMDに読み込む

踊ったことは踊ったがウェイト設定が大変。
ミスラなんて尻尾があるから細かくボーンを追加しなければいけないしこりゃメンドイ。

ボトルネックはやはりウエイトだ。
どうやれば楽になるのか知りたい・・・。